El 85% del territorio del Putumayo hace parte de la gran planicie amazónica región con un alto endemismo y biodiversidad en especies como mariposas, aves, reptiles y primates (Brown 1982). En el alto Putumayo se puede encontrar variedad de anfibios y aves, los humedales sirven como sitio de migración de patos del norte.Conservar la flora y la fauna permite mantener el equilibrio ecosistémico para que perdure el agua elemento básico para la producción.